Muzeum Przyrodniczo-Leśne na dwóch poziomach prezentuje przyrodę i historię Puszczy Białowieskiej oraz wielowiekową działalność człowieka na tym terenie. Eksponowane są w nim najbardziej charakterystyczne dla Puszczy zbiorowiska leśne: grąd, ols, łęg, bór, borealna świerczyna bagienna. Zaprezentowane jest życie podziemne w lesie, bezkręgowce, ssaki kopytne i drapieżne oraz ptaki. Przybliżony został także świat zwierząt i roślin związanych ze środowiskiem ziemno-wodnym, fazy rozkładu drewna i bogactwo grzybów.

W części historycznej ukazano bartnictwo, sianożęcia, przerób drewna na terpentynę oraz wąskotorową kolejkę leśną. Ukształtowanie podłogi, przyciemnione światła, efekty dnia i nocy, odgłosy Puszczy sprawiają, że po przekroczeniu progu wystawy wydaje się, że znajdujemy się w środku lasu. Muzeum organizuje również wystawy czasowe.

Ekspozycję stałą w Muzeum można zwiedzać indywidualnie i grupowo, z przewodnikiem posiadającym licencję wydaną przez Dyrektora BPN, z pracownikiem BPN lub posługując się audio-przewodnikiem (język polski, angielski, niemiecki, francuski i rosyjski). Czas zwiedzania ekspozycji stałej wynosi około 1 godz. We wszystkich pomieszczeniach ekspozycyjnych obowiązuje zakaz jedzenia i picia, używania ognia, odłączania się od grupy bez uzasadnionej potrzeby, prowadzenia rozmów z telefonów komórkowych, dotykania eksponatów (bez zgody Kustosza Muzeum).